① 管轄違いの登記（商登法１３４条１項１号、２４条１号）

 登記所が、管轄権を有しない登記を誤って受理し登記をしたときは、その登記は無効となるため、抹消事由とされる。

② 登記すべき事項以外の登記（商登法１３４条１項１号、２４条２号）

 登記事項でない事項を登記官が誤って登記しても、その登記は無効となるため、抹消事由となる。

③ 二重登記（商登法１３４条１項１号、２４条３号）

 事件がその登記所においてすでに登記されているにもかかわらず、更にその事件にっき登記がされたときは、後になした登記は無効となるため、抹消事由となる。例えば、商号使用者の同一商号を重ねて登記したときは、抹消申請が可能である。

④ 同時に到達した申請の目的が相互に矛盾するとき（商登法１３４条１項１号、２４条５号）

 郵送等により申請された数個の申請書を登記官が同時に受け取った場合又は数個の申請書を受け取った時の前後が明らかでない場合において、そのうちのいずれかの申請に係る登記をすることにより、他の申請書に係る登記をすることができなくなるとき（申請の目的が相互に矛盾抵触するとき）は、登記官はいずれの登記も却下しなければならないが、誤って登記をした場合には、その登記は無効になるため、抹消事由とされる。相互に矛盾抵触する具体例としては、（イ）同一場所における同一商号の会社の設立登記の申請が同時になされた場合、（ロ）同一の株式会社について、同一日時の取締役会議事録を添付して、同一の代表取締役を解職してその後に異なる者を代表取締役とした旨の変更登記の申請が同時にされた場合等が挙げられる。

⑤ 登記された事項に無効の原因があるとき（１３４条１項２号）（ただし、訴えをもってのみ主張できる場合を除く。（＊１））

 例えば、定足数に足りない取締役が出席した取締役会において、代表取締役の解職決議をした場合の代表取締役の変更登記は、抹消申請できるし、資本準備金の資本組入れにより資本金の額の変更登記をしたが、実際には資本準備金が存在しなかった場合も抹消申請できる。

⑥ 登記された事項が不存在の場合

 登記された事項が不存在の場合にも、無効原因がある場合と同様、抹消することができる。

⑦ 登記された事項に錯誤がある場合

 登記された事項に錯誤がある場合は、原則として更正の事由となるが、更正の前後を通じて同一性が認められない場合は、抹消の事由となる。

1. 会社の設立

2. 株式会社の成立後における株式の発行

3. 自己株式の処分

4. 新株予約権の発行

5. 株式会社における資本金の額の減少

6. 会社の組織変更

7. 会社の吸収合併

8. 会社の新設合併

9. 会社の吸収分割

10. 会社の新設分割

11. 株式会社の株式交換

12. 株式会社の株式移転

先例

（Ｓ３９．３．２８民甲８３７号）

登記すべき事項につき訴えをもってのみ主張できる無効、取消しであっても、その訴えが提訴期間内に提起されなかった場合は、その事項を登記することができる。

先例

（Ｓ５７．１２．１５民甲７５８３号）

取締役の就任の登記を抹消した結果、法律又は定款に定めた員数を欠くことになるため、前任の取締役の登記を回復する場合には、職権により（その前任の取締役の）退任の登記を抹消することを要する。

判例

（最Ｓ２５．６．１３）

解任された取締役につきなされた辞任の登記は、取締役たる資格消滅という身分変動については結局真実に合致しているから登記としての効力を有する。したがって、当該取締役は、会社に対し当該登記の抹消を請求することができない。