次の２つの方法が併用されている。

(1) 定額課税

 １件につき確定した額で徴収する方法である。   

ex　役員変更（金３万円（資本金の額が１億円以下の会社については、金１万円（カ））

目的変更（金３万円（ツ））

本店移転（金３万円（ヲ））

(2) 定率課税

 課税価額に一定の率を乗じて税額を算出する方法である。 

ex　株式会社の設立、増資登記等

 登録免許税算定の基準となる金額を課税標準金額という。

 例えば、会社の設立登記については、資本金の額に１０００分の７を乗じた額（これによって計算した税額が１５万円に満たないときは、１５万円）である。

（イ）課税標準金額に１０００円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。

（ロ）課税標準金額に税率を乗じて算定した税額に１００円末満の端数があるときはその端数金額は切り捨てる。

(1) 原則（現金納付）

 登録免許税の納付方法は、原則として現金納付の方法による。（登録免許税法２１条)現金納付といっても、登記所に対して直接現金を納付するのではなく、所定の納付書に現金を添え、国の収納機関である日本銀行、その代理店、郵便局、税務署に納付し、その領収書を申請書に貼りつけて申請する。

(2) 例外（印紙納付）

 次の場合には収入印紙を申請書に貼付して登記所に提出することによって登録免許税を納付することができる。（登録免許税法２２条、登免施行令２９条)

① 登録免許税の額が３万円以下である場合

② 登記所の近傍に国税の収納機関がないため、当該登記所における登記又は登録に係る登録免許税を現金で納付することが困難であると法務局又は地方法務局長が認めてその旨を当該登記所に公示した場合

③ 登録免許税額のうち３万円未満の端数の部分の登録免許税を納付するとき

④ その他特別の事情があると登記官が認めて印紙納付を認めた場合

(3) オンライン申請の場合

① 電子納付による納付

 オンライン登記申請をする場合には、歳入金電子納付システムを利用して登録免許税を納付することができる期限（納付情報）が法務省システムに掲示され、その旨の電子メールが申請人等に送信される。この期限内に限り、歳入金電子納付システムを利用して当該申請に係る登録免許税の納付を行うことができる。

② 領収書又は印紙による納付

 オンライン登記申請の場合であっても、一定の様式に従った印紙等貼付用紙に領収書又は印紙を窓口に提出し、又は郵送することによって、登録免許税を納付することができる。