登記権利者及び登記義務者が共同して申請する登記について課される登録免許税記権利者及び登記義務者が連帯して納付する義務を負う。(登録免許税法３条)ただ、当事者の一方が負担する特約があれば、それでも差し支えない。

 登録免許税は、登録免許税法又は租税特別措置法などにおいて、軽減又は免除する旨の特別規定がある場合に限って軽減ないしは免除される。登録免許税が免除される主な場合は次のとおりである。

① 国又は地方公共団体等の非課税法人が登記を受ける場合

 登記を受ける利益の主体が国又は地方公共団体等の場合には、登録免許税は非課税となる。（登録免許税法４条１項 )この規定により国又は地方公共団体等が登記権利者になるときは非課税になるが(登研314号）、私人が登記権利者で国が登記義務者になる場合には、原則どおり登録免許税が課せられることになる。また、抵当権等担保権の順位変更の登記については、申請人の全員が登記権利者兼登記義務者の立場として登記を行うため、申請人の全員が国又は地方公共団体等の場合には非課税となるが（登研314号）、私人と国が順位変更を行う場合には，国の担保権も件数に含めて、通常どおり当事者全員に対して課税される（S48.10.31民三8188号）

② 登記官が職権で行う登記(登録免許税法５条２号)

③ 住居表示の実施又は変更に伴う登記事項の変更登記(登録免許税法５条４号)

 申請情報と併せて住居表示の実施又は変更があったことを証する市区町村長が職務上作成した情報を提供したときは、登録免許税が課されない。

④ 行政区画等の名称変更及びその変更に伴う地番変更の登記(登録免許税法５条５号)

 市町村合併があって、例えばＡ市がＢ市に変わったような場合である。この場合も、その変更を証する市区町村長が職務上作成した情報を提供した場合に限って非課税となる。

⑤ 墳墓地に関する登記(登録免許税法５条１０号)

⑥ 滞納処分に関する登記(登録免許税法５条１１号)

⑦ 登記官の過誤による登記又は登記の抹消がされた場合に、その登記を抹消もしくは更正、又は回復する登記(登録免許税法５条１２号)

⑧ 信託財産の登記

 委託者から受託者への信託による所有権の移転の登記等である。（登録免許税法７条１項)